В систему ЕГИСЗ входят подсистемы, которые хорошо интегрированы между собой и позволяют обеспечивать быстрый электронный документооборот, комфортную работу с разными сервисами из сферы здравоохранения.
На основании постановления Правительства РФ №852 от 1 июня 2021 года к ЕГИСЗ должны быть подключены лицензированные медицинские организации. Для передачи данных в ЕГИСЗ, медицинское учреждение должно подключиться к системе.