В программу ЕГИСЗ входит множество функций, которые могут обезличивать персональные данные, обеспечивать безопасную передачу сведений, проводить сбор и обработку данных.
На основании постановления Правительства РФ №852 от 1 июня 2021 года к ЕГИСЗ должны быть подключены лицензированные медицинские организации. Если ранее допускалось предоставление сведений на бумажных носителях, то теперь все процессы выполняются через ЕГИСЗ.